滨州市妇幼保健院始建于1964年，是市属为妇女儿童提供公共卫生和基本医疗服务的专业机构。2013年市编办批准成立滨州市儿童医院，2018年市编办批准成立滨州市妇幼保健计划生育服务中心。2019年3月成立滨州市出生缺陷综合防治中心、滨州市新生儿疾病筛查中心、滨州市产前诊断和筛查技术管理中心、滨州市听力筛查诊治中心。

医院承担全市妇幼公共卫生项目管理及妇女儿童临床保健业务。医院坚持临床保健相结合，形成了完整的婚前医学检查、孕期优生优育、孕产期保健、遗传咨询、产前筛查与诊断、新生儿疾病筛查、产后康复、妇女保健、儿童保健、儿童康复于一体的婚孕产保育“全生命周期”一站式服务新模式体系。现设有妇产科、儿科、妇女保健科、儿童保健科、乳腺保健科、不孕不育科、新生儿疾病筛查中心、产前诊断和筛查技术管理中心、听力筛查诊治中心、儿童康复中心及影像、检验等相关医技科室。是国家爱婴医院、中国出生缺陷干预救助基金会“出生缺陷干预救助基地”、中国妇幼保健协会“出生缺陷防控耳聋基因检测试验检测实验示范基地”、滨州市出生缺陷综合防治专科联盟会长单位。

目前医院有三个业务区：渤海六路主院区以临床保健为主，发展临床产科、儿科、乳腺科、不孕不育科、妇女保健和健康管理等学科，医学影像、检验、心脑电图等医技科室为妇女保健和健康管理提供技术支撑；黄河五路儿童保健部以儿童保健、儿童康复为中心，围绕“儿童健康”全面开展系列保健服务；黄河六路新生儿疾病筛查中心、产前诊断和筛查技术管理中心，开展以三级预防为主的早期筛查、诊断、治疗、康复的防治工作，打造市级出生缺陷综合防治中心。

为更好地满足全市妇女儿童的医疗保健需求，滨州市政府决定在滨州新区按三级甲等标准新建一所妇幼保健院和儿童医院。占地100亩，建筑面积7.2万平方米，设计床位600张，计划2020年搬迁启用。